Az Oxfordi Egyetem és az Oracle partnersége lehetővé teszi a globális genomikai szekvenálást és vizsgálatot az Oracle Cloud Infrastructure-on kifejlesztett speciális platformon keresztül, hogy segítsen enyhíteni a potenciálisan veszélyes COVID-19 variánsok hatását.
A COVID-19 vírus fertőzőbb változatainak megjelenése azzal fenyeget, hogy lelassítja a globális felépülést, és potenciálisan meghiúsíthatja a jelenlegi vakcinaimmunitást. Annak érdekében, hogy a kormányok és az orvosi közösségek gyorsabban azonosíthassák ezeket a variánsokat, és gyorsabban cselekedhessenek ellenük, az Oxfordi Egyetem és az Oracle létrehozta a globális kórokozó-elemző rendszert (GPAS), amely az oxfordi Scalable Pathogen Pipeline Platformot (SP3) az Oracle Cloud Infrastructure (OCI) teljesítményével kombinálja. Ez a kezdeményezés egy Wellcome Trust által finanszírozott konzorcium munkájára épül, amelynek tagjai a Public Health Wales, a Cardiffi Egyetem és a Public Health England.
"Ez a nagy teljesítményű új eszköz lehetővé teszi a kutatóintézetek, a közegészségügyi szervek, az egészségügyi szolgálatok és a diagnosztikai vállalatok közegészségügyi tudósai számára, hogy világszerte segítsék a fertőző betegségek, köztük a koronavírus-fertőzések jobb megértését" - mondta Derrick Crook, az Oxfordi Egyetem mikrobiológus professzora.
"A globális kórokozó-elemző rendszer segíteni fog egy globális közös szabvány létrehozásában, amely lehetővé teszi ennek az új vírusnak, valamint a közegészségügyi szempontból fenyegető egyéb mikrobiális veszélyek összeállítását és elemzését. Ez új dimenzióval bővíti a kórokozókkal kapcsolatos adatok feldolgozásának képességét. Az Oracle-lel együttműködve tovább folytathatjuk kutatásainkat ennek az élvonalbeli technológiai platformnak a segítségével" - tette hozzá Crook.
Az SP3-at (amelyet először a tuberkulózishoz használtak) a SARS-CoV-2 szekvenciaadatainak egységesítésére, szabványosítására, elemzésére és összehasonlítására használták fel, és így annotált genomikus szekvenciákat kaptak, valamint új és aggályos variánsokat azonosítottak. Az SP3 feldolgozási képességét az Oracle átfogó új fejlesztési munkájával javították, ami lehetővé teszi a nagy teljesítményt és biztonságot, valamint az SP3 rendszer folyamatos globális elérhetőségét az Oracle Cloudban. Az SP3 rendszer mostantól a COVID-19 elemzések átfogó és szabványosított eredményeit a benyújtástól számítva perceken belül nemzetközi szinten szolgáltatja. Az eredményeket pedig biztonságos környezetben osztják meg a világ országaival.
"A genetikai variánsok szisztematikus vizsgálatának lehetősége számos kórokozó esetében jelentős előnyökkel jár majd a globális közegészségügy számára. Ez a program az Oracle segítségével egy lépéssel közelebb visz bennünket ehhez a célhoz" - mondta Sir John Bell, az Oxfordi Egyetem orvosprofesszora.
Az Oracle Cloud széles körű gépi tanulási képességeivel párosulva az együttműködő tudósok, kutatók és kormányok világszerte először dolgozhatják fel, elemezhetik és vizualizálhatják a kórokozókat, illetve cselekedhetnek a COVID-19-et kiváltó koronavírusok széles körű adatgyűjteménye alapján. Ez magában foglalja az érdeklődésre számot tartó változatok azonosítását és azok lehetséges hatását a vakcinák és a kezelés hatékonyságára. A rendszerben található analitikai műszerfalak például megmutatják, hogy mely specifikus törzsek terjednek gyorsabban, mint mások, és hogy a genetikai jellemzők hozzájárulnak-e a fokozott fertőzőképességhez és a vakcina elől való meneküléshez. Oxfordban már feldolgozták a világ SARS-CoV-2 szekvenciáinak felét, összesen több mint 500 ezret.
"A COVID-19 koronavírusa és más kórokozók genomikai szekvenálása és vizsgálata terén kritikus a globális együttműködés. A továbbfejlesztett SP3 rendszer globális szabványt hoz létre a kórokozók adatgyűjtésére és elemzésére, lehetővé téve ezzel az orvosi kutatók számára, hogy jobban megértsék a COVID-19 vírusát és más, a közegészségügyet fenyegető mikrobiális veszélyeket. A következő lépés az lesz, hogy ezt a szolgáltatást minden kórokozóra kiterjesszük, miközben egyidejűleg együttműködünk a kutatóintézetek, a közegészségügyi ügynökségek és a magánvállalatok tudósaival, hogy ez a munka világszerte tájékoztatást adjon a globális járványok elleni stratégiákkal kapcsolatos döntéshozatalhoz" - mondta Larry Ellison, az Oracle elnöke és technológiai igazgatója.
A platformot a kutatók és a nonprofit szervezetek világszerte ingyenesen használhatják majd.
