Az elsősorban tömörítés célját szolgáló .zip fájlformátum esetében lehetőség van az állományok titkosítására is. De hogy valójában milyen lesz ez a titkosítás, az a ZIP fájl létrehozásához használt programtól függ.
Kétféle titkosítást és jelszóvédelmet támogat ugyanis a .zip formátum. Az egyik a ZipCrypto becenéven ismert módszer, amelyet viszonylag könnyű feltörni. Az Info-ZIP munkacsoport legalábbis elég gyengének bélyegezte, és ezt a véleményt sokan osztják.
Jobban jár a felhasználó az AES-256 szabványra épülő titkosítási eljárással, amely 256 bites kulcs- és blokkméretet alkalmaz. A ZipCryptóval ellentétben az AES (Advanced Encryption Standard) módszert nem kimondottan ZIP fájlok titkosítására fejlesztették ki, széles körben alkalmazzák, és nagyon erős védelmet ad.
Egy csavar azonban van a dologban. A Windows saját, beépített ZIP tömörítője nem támogatja az AES titkosítást, ezért az AES-256-tal titkosított ZIP archívum állományait a címzett - aki levélben kapta meg a tömörítvényt a hozzá tartozó jelszót pedig (remélhetőleg) sms-ben - nem tudja megnyitni a Windows Intézőben vagy Fájlkezelőben. Ehhez telepítenie kell egy tömörítő/kitömörítő programot, amelyek többsége - például az ingyenes 7-zip is - támogatja az AES-256-ot.
Még valamire tanácsos azonban ügyelni. Titkosítási eljárástól függetlenül a ZIP archívumban levő fájlok nevét bárki láthatja, ezért jobb kerülni a beszédes nevek használatát.