A játék fejlesztése még az Eidos felvásárlása előtt megkezdődött, ezt követően azonban számos halasztást voltak kénytelenek eszközölni. A Sunday Times úgy tudja, hogy az SCi két egykori alvállalkozója, az MGE és a Mithis Entertainment (a Nexus: The Jupiter Incident korábbi, és a Joint Task Force jelenlegi fejlesztője) benyújtottak egy-egy keresetet a rendőrségre, annak vádjával, hogy bizonyos SCi alkalmazottak betörtek a magyar irodába és ellopták többek között a Battlestations: Midway forráskódját.
Az MGE és Mithis képviseletében nyilatkozó Dr. Versitz Piroska ügyvédnő elmondta, hogy több ügy is folyamatban van, amelyek mind kapcsolódnak a Battlestations: Midway, illetve a Joint Task Force fejlesztéséhez fűződő hardverek és szoftverek eltulajdonításához. Ezek között felsorolta a számítógépek lopását, illegális másolatok készítését, szabotázst, játékok adatainak törlését, és IP jogok szabálytalan felhasználását. A magyar rendőrség két szálon indította meg a nyomozást.
Ezt követően nem sokkal érkezett egy hivatalos közemény az SCi kommunikációs igazgatójától, Chris Glovertől, melyben az áll, hogy a vállalat szerint a Sunday Times összekeveri a Battlestations Midway és a Joint Task Force című játékokat, illetve a kettőt egyként kezeli. A panaszoknak és a vádaknak semmi köze az előbbi alkotáshoz.
Az SCi még 2005. novemberében élt azon jogával, hogy saját felügyelete alá helyezte a Battlestations: Midway fejlesztését, mivel nem volt megelégedve az addig elért eredményekkel. Ezt követően az MGE kártérítést követelt a vállalattól, de mivel semmi nem történt, feljelentést tettek a budapesti szerveknél a szellemi jogok megsértése miatt.
Az SCi Entertainment elnök-vezérigazgatója, Jane Cavanagh külön is kommentálta a történeteket: "Normális esetben nem nyilatkozunk ehhez hasonló jelentéktelen ügyekben, de a helyzet tisztázása végett ezt most szükségesnek éreztük. Helyre kívánjuk hozni mindazt, amiről úgy gondoljuk, hogy számos félresikerült kijelentés, és lényeges pontatlanság eredménye. Részben pedig amiatt tartottuk mindezt szükségesnek, mert a Sunday Timesban leközölt cikk teljesen más cégekhez kapcsolódó ügyet tárt fel."
Hozzá kell tenni, hogy az annak idején Philos néven ismert fejlesztőcsapat kezdte meg az akkor még Imperium Galactica III. néven ismert stratégiai játék fejlesztését. Ezt később átvette a Mithis Entertainment (később Mithis Games), s ekkor a játék neve már Galaxy Andromedára módosult, s átkerült a német CDV kiadó felügyelete alá. Innen került át a HD Interactive-hoz, s végül ők adták ki a játékot Nexus: The Jupiter Incident címmel.
Az SCi 2002-ben indította meg a Conflict: Midway fejlesztését, ám később brandváltással Battlestations: Midway-re módosult a játék címe. Az eredetileg 2004. végén megjelenő alkotást többször is halasztották. Állítólag a Mithis Games "felbomlásához" egy külföldi befektető kilépése, majd a Joint Task Force által használt Gepard engine körüli szerzői jogi botrányok vezettek. Ekkor alakult meg a HD Interactive alá tartozó Most Wanted Entertainment, amely sikeresen megállapodott a Gepard engine-t kifejlesztő és a Panzers játékokban azt alkalmazó Stormregion magyar fejlesztőcsapattal. Ezt követően a Most Wanted Entertainment vihette tovább a Joint Task Force fejlesztését, míg az SCi birtokában lévő Eidos Studios Hungary a Battlestations: Midway munkálatait folytatta.
A vita valódi kirobbantó oka az lehetett, hogy az alulteljesítés miatt az SCi a szerződésben foglaltak szerint magával vitte a Battlestations: Midway fejlesztéséhez szükséges eszközöket és szellemi terméket, s a tulajdonképpen emiatt Budapesten alapított Eidos Studios Hungary cégre bízta a további munkálatokat.
